Correction of error (code still false)

exo_bam_gpu.py

@@ -2,7 +2,7 @@ import pysam
 seq_inf= {}#On defini le dictionnaire
 
 
-samfile = pysam.AlignmentFile("/home/theo/Documents/alternance/Projet Alternance/dijex8000.bam", "rb")#Importation du fichier bam
+samfile = pysam.AlignmentFile("/home/theo/dev/git/cnvCallerGPU/3544.bam", "rb")#Importation du fichier bam
 
 for read in samfile.fetch(until_eof=True):#Boucle qui va lire le fichier bam en entier
     seq_id=read.query_name#Attribution de l'ID de la sequence
@@ -12,20 +12,20 @@ for read in samfile.fetch(until_eof=True):#Boucle qui va lire le fichier bam en
     end=read.reference_end#Attribution position fin
 
     seq_inf[chro]={}#Création d'un nouveau dictionnaire avec le nom du chromosome à chaque itération de boucle
-    seq_inf[chro].append({"seq_id" : seq_id, "start" : start, "end" : end, "lenght" : lenght, "depth":0})#attribution de différentes informations pour chaque chromosome à chaque itération de boucle
+    seq_inf[chro]=({"seq_id" : seq_id, "start" : start, "end" : end, "lenght" : lenght, "depth":0})#attribution de différentes informations pour chaque chromosome à chaque itération de boucle
 samfile.close()
 
 def depth_function(data):#Definition d'une fonction qui va calculer la profondeur
     for chro, data in seq_inf.items():
-    depth = [0] * [-1]["end"] +1 #on crée une liste qui stock la profondeur de chaque chromosome. On prend la dernière position lue de chaque dictionnaire. On rajoute +1 parce que ça compte à partir de 0.
+        depth = [0] * [-1]["end"] +1 #on crée une liste qui stock la profondeur de chaque chromosome. On prend la dernière position lue de chaque dictionnaire. On rajoute +1 parce que ça compte à partir de 0.
         for position in range(start, end +1):#on reprend les position start et end défini au début
             depth[position] += 1 #On calcule la profondeur en ajoutant +1 à chaque itération
-depth_function(seq_info)#On fait appel à la fonction pour le dictionnaire de base
+depth_function(seq_inf)#On fait appel à la fonction pour le dictionnaire de base
 
 
-import pyopencl as cl
+#import pyopencl as cl
 
-ctx = cl.create_some_context()
-queue = cl.CommandQueue(ctx)
-mf = cl.mem_flags
+#ctx = cl.create_some_context()
+#queue = cl.CommandQueue(ctx)
+#mf = cl.mem_flags