From 66b472e74fd6a121d27966aee1d3474274f716be Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Theo <theo.serralta@chu-dijon.fr>
Date: Fri, 20 Oct 2023 17:55:24 +0200
Subject: [PATCH] Correction of error (code still false)
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exo_bam_gpu.py | 16 ++++++++--------
1 file changed, 8 insertions(+), 8 deletions(-)
diff --git a/exo_bam_gpu.py b/exo_bam_gpu.py
index f9dd571..30ce0a1 100644
--- a/exo_bam_gpu.py
+++ b/exo_bam_gpu.py
@@ -2,7 +2,7 @@ import pysam
seq_inf= {}#On defini le dictionnaire
-samfile = pysam.AlignmentFile("/home/theo/Documents/alternance/Projet Alternance/dijex8000.bam", "rb")#Importation du fichier bam
+samfile = pysam.AlignmentFile("/home/theo/dev/git/cnvCallerGPU/3544.bam", "rb")#Importation du fichier bam
for read in samfile.fetch(until_eof=True):#Boucle qui va lire le fichier bam en entier
seq_id=read.query_name#Attribution de l'ID de la sequence
@@ -12,20 +12,20 @@ for read in samfile.fetch(until_eof=True):#Boucle qui va lire le fichier bam en
end=read.reference_end#Attribution position fin
seq_inf[chro]={}#Création d'un nouveau dictionnaire avec le nom du chromosome à chaque itération de boucle
- seq_inf[chro].append({"seq_id" : seq_id, "start" : start, "end" : end, "lenght" : lenght, "depth":0})#attribution de différentes informations pour chaque chromosome à chaque itération de boucle
+ seq_inf[chro]=({"seq_id" : seq_id, "start" : start, "end" : end, "lenght" : lenght, "depth":0})#attribution de différentes informations pour chaque chromosome à chaque itération de boucle
samfile.close()
def depth_function(data):#Definition d'une fonction qui va calculer la profondeur
for chro, data in seq_inf.items():
- depth = [0] * [-1]["end"] +1 #on crée une liste qui stock la profondeur de chaque chromosome. On prend la dernière position lue de chaque dictionnaire. On rajoute +1 parce que ça compte à partir de 0.
+ depth = [0] * [-1]["end"] +1 #on crée une liste qui stock la profondeur de chaque chromosome. On prend la dernière position lue de chaque dictionnaire. On rajoute +1 parce que ça compte à partir de 0.
for position in range(start, end +1):#on reprend les position start et end défini au début
depth[position] += 1 #On calcule la profondeur en ajoutant +1 à chaque itération
-depth_function(seq_info)#On fait appel à la fonction pour le dictionnaire de base
+depth_function(seq_inf)#On fait appel à la fonction pour le dictionnaire de base
-import pyopencl as cl
+#import pyopencl as cl
-ctx = cl.create_some_context()
-queue = cl.CommandQueue(ctx)
-mf = cl.mem_flags
+#ctx = cl.create_some_context()
+#queue = cl.CommandQueue(ctx)
+#mf = cl.mem_flags
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2.17.1