TODO.org

- [ ] Ajouter la possibilité de lancer le pipeline depuis n'importe quel répertoire et pas seulement celui où se trouvent les scripts
- [ ] Ajouter messages d'erreur
- [ ] Ecrire la doc
  - [ ] Ajouter dans la doc que Tred doit être ouvert dans virtual
  - [ ] Mode transfert
  - [ ] Préciser qu'il ne faut rien ajouter manuellement dans les répertoires de OUTPUTDIR (car EHDN travaille sur tous les répertoires présents dans OUTPUTDIR, uniquement samples)
  - [ ] Préciser que le répertoire input doit être différent du répertoire d'output (précaution pour éviter de supprimer\ données brutes)
  - [ ] Dépendances : Plotly pour str_plotly.py et Scipy pour str_outliers.py, Python 3
- [ ] EHDN
  - [ ] Brancher EHDN et outlier
  - [ ] Séparer case et contrôles
  - [ ] Ajouter EHDN dans GetResults
- [ ] Ajouter le sample dans le nom de fichier de log pour pipeline.sh
- [ ] Changer le répertoire de sortie : /STR/pipeline car pipeline n'est pas explicite (répertoire avec fichiers de sortie des outils de détection de STR)
- [ ] Remove dijen from str_outliers.py
- [ ] Prévoir l'installation des dépendances
- [ ] Faire un launcher pour lancer getResults dans SGE
- [X] Ajouter la possibilité de faire tourner getResults sur une liste d'échantillons donnée (actuellement, glob *)
- [X] Créer le répertoire results automatiquement (sans la date)
- [ ] Créer un script pour faire le ménage après le passage de SGE
- [ ] Possibilité de choisir les outils à utiliser (par exemple, option pour ne pas utiliser GangSTR)
- [X] Gérer l'absence de queue transfer