Fix some bugs

parent adff611b
......@@ -12,3 +12,8 @@
- [ ] Ajouter le sample dans le nom de fichier de log pour pieline.sh
- [ ] Changer le répertoire de sortie : /STR/pipeline car pipeline n'est pas explicite (répertoire avec fichiers de sortie des outils de détection de STR)
- [ ] Remove dijen from str_outliers.py
- [ ] Prévoir l'installation des dépendances
- [ ] Faire un launcher pour lancer getResults dans SGE
- [ ] Ajouter la possibilité de faire tourner getResults sur une liste d'échantillons donnée (actuellement, glob *)
- [ ] Créer le répertoire results automatiquement + avec la date
- [ ] Ajouter la possibilité de lancer le pipeline depuis n'importe quel répertoire et pas seulement celui où se trouve les scripts
......@@ -20,16 +20,16 @@ input_directory = None
output_directory = None
variant_catalog = None
with open(os.path.join(os.path.dirname(sys.argv[0]), 'config.sh'))) as config:
with open(os.path.join(os.path.dirname(sys.argv[0]), 'config.sh')) as config:
for line in config:
if '=' in line:
variable, value = line.split('=', 1)
if variable == 'OUTPUTDIR':
input_directory = value.split('#')[0].strip('"\' ') # strip double quotes, simple quotes and spaces
input_directory = value.split('#')[0].strip('"\' \n') # strip double quotes, simple quotes and spaces, new line
elif variable == 'RESULTS_OUTPUTDIR':
output_directory = value.split('#')[0].strip('"\' ') # strip double quotes, simple quotes and spaces
output_directory = value.split('#')[0].strip('"\' \n') # strip double quotes, simple quotes and spaces, new line
elif variable == 'EH_VARIANT_CATALOG':
variant_catalog = value.split('#')[0].strip('"\' ') # strip double quotes, simple quotes and spaces
variant_catalog = value.split('#')[0].strip('"\' \n') # strip double quotes, simple quotes and spaces, new line
if input_directory is None or output_directory is None or variant_catalog is None:
logging.error('OUTPUTDIR, RESULTS_OUTPUTDIR or EH_VARIANT_CATALOG is missing in config.sh')
......@@ -110,5 +110,5 @@ def get_results(locus, region):
if __name__ == '__main__':
os.makedirs(output_directory, exist_ok=True)
for locus, region in enumerate_variants(variants_catalog):
for locus, region in enumerate_variants(variant_catalog):
get_results(locus, region)
......@@ -9,9 +9,11 @@
# Source configuration file
. "$(dirname "$0")/config.sh"
cd "$OUTPUTDIR"
printf "%s\n" * |
(
cd "$OUTPUTDIR"
printf "%s\n" *
) |
"$PARALLEL" \
--jobs "$PARALLEL_JOB_COUNT" \
--line-buffer \
"$(dirname "$(readlink -f "$0"))/pipeline_ehdn_outlier.sh"
"$(dirname "$0")/pipeline_ehdn_outlier.sh"
Markdown is supported
0% or
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment