Fix comment in pipeline.sh

parent 22d3c074
......@@ -7,8 +7,10 @@
- Description: How to launch scripts to get STR genotype from genomes on all the locus tested
1. Fill the configuration file `config.sh`.
2. Create `samples.list` (bam file names without .bam)
3. Launch `launch_pipeline.sh`: `nohup ./launch_pipeline.sh samples.list &`. Dependencies :
2. Create `samples.list` (bam file names without .bam).
For now, scripts have to be launched from the clone directory.
3. Launch `launch_pipeline.sh`: `nohup ./launch_pipeline.sh samples.list &`. Dependencies:
- `config.sh`
- `samples.list`
- `pipeline.sh`
......@@ -18,7 +20,7 @@
- `wrapper_gangstr.sh`
- `wrapper_transfer.sh`
- `wrapper_tredparse.sh`
4. Optional: launch `launch_pipeline_ehdn_outlier.sh`: `nohup ./launch_pipeline_ehdn_outlier.sh &`. Dependencies :
4. Optional: launch `launch_pipeline_ehdn_outlier.sh`: `nohup ./launch_pipeline_ehdn_outlier.sh &`. Dependencies:
- `config.sh`
- `pipeline_ehdn_outlier.sh`
- `wrapper_ehdn_outlier.sh`
......
- [ ] Ajouter la possibilité de lancer le pipeline depuis n'importe quel répertoire et pas seulement celui où se trouvent les scripts
- [ ] Ajouter messages d'erreur
- [ ] Ecrire la doc
- [ ] Ajouter dans la doc que Tred doit être ouvert dans virtual
......@@ -16,7 +17,6 @@
- [ ] Faire un launcher pour lancer getResults dans SGE
- [X] Ajouter la possibilité de faire tourner getResults sur une liste d'échantillons donnée (actuellement, glob *)
- [X] Créer le répertoire results automatiquement (sans la date)
- [ ] Ajouter la possibilité de lancer le pipeline depuis n'importe quel répertoire et pas seulement celui où se trouvent les scripts
- [ ] Créer un script pour faire le ménage après le passage de SGE
- [ ] Possibilité de choisir les outils à utiliser (par exemple, option pour ne pas utiliser GangSTR)
- [X] Gérer l'absence de queue transfer
......@@ -33,7 +33,7 @@ OUTPUTDIR="$OUTPUTDIR/$SAMPLE"
TRANSFER_JOB=""
WD="$(dirname "$(readlink -f "$0")")"
Transfer bam and bai from archive to work
# Transfer bam and bai from archive to work
if [ "x$TRANSFER" = "xyes" ]
then
mkdir -p "$OUTPUTDIR"
......
Markdown is supported
0% or
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment