Fix comment in pipeline.sh

README.md

@@ -7,8 +7,10 @@
 - Description: How to launch scripts to get STR genotype from genomes on all the locus tested
 
 1. Fill the configuration file `config.sh`.
-2. Create `samples.list` (bam file names without .bam)
-3. Launch `launch_pipeline.sh`: `nohup ./launch_pipeline.sh samples.list &`. Dependencies :
+2. Create `samples.list` (bam file names without .bam).
+
+For now, scripts have to be launched from the clone directory.
+3. Launch `launch_pipeline.sh`: `nohup ./launch_pipeline.sh samples.list &`. Dependencies:
    - `config.sh`
    - `samples.list`
    - `pipeline.sh`
@@ -18,7 +20,7 @@
    - `wrapper_gangstr.sh`
    - `wrapper_transfer.sh`
    - `wrapper_tredparse.sh`
-4. Optional: launch `launch_pipeline_ehdn_outlier.sh`: `nohup ./launch_pipeline_ehdn_outlier.sh &`. Dependencies :
+4. Optional: launch `launch_pipeline_ehdn_outlier.sh`: `nohup ./launch_pipeline_ehdn_outlier.sh &`. Dependencies:
    - `config.sh`
    - `pipeline_ehdn_outlier.sh`
    - `wrapper_ehdn_outlier.sh`

TODO.org

+- [ ] Ajouter la possibilité de lancer le pipeline depuis n'importe quel répertoire et pas seulement celui où se trouvent les scripts
 - [ ] Ajouter messages d'erreur
 - [ ] Ecrire la doc
   - [ ] Ajouter dans la doc que Tred doit être ouvert dans virtual
@@ -16,7 +17,6 @@
 - [ ] Faire un launcher pour lancer getResults dans SGE
 - [X] Ajouter la possibilité de faire tourner getResults sur une liste d'échantillons donnée (actuellement, glob *)
 - [X] Créer le répertoire results automatiquement (sans la date)
-- [ ] Ajouter la possibilité de lancer le pipeline depuis n'importe quel répertoire et pas seulement celui où se trouvent les scripts
 - [ ] Créer un script pour faire le ménage après le passage de SGE
 - [ ] Possibilité de choisir les outils à utiliser (par exemple, option pour ne pas utiliser GangSTR)
 - [X] Gérer l'absence de queue transfer

pipeline.sh

@@ -33,7 +33,7 @@ OUTPUTDIR="$OUTPUTDIR/$SAMPLE"
 TRANSFER_JOB=""
 WD="$(dirname "$(readlink -f "$0")")"
 
-Transfer bam and bai from archive to work
+# Transfer bam and bai from archive to work
 if [ "x$TRANSFER" = "xyes" ]
 then
     mkdir -p "$OUTPUTDIR"