Modification of code and it works !

exo_bam_gpu.py

-import pysam
-seq_inf= {}#On defini le dictionnaire
+#import pysam
+#seq_inf= {}#On definit le dictionnaire
 
 
-samfile = pysam.AlignmentFile("/home/theo/dev/git/cnvCallerGPU/3544.bam", "rb")#Importation du fichier bam
+#samfile = pysam.AlignmentFile("/home/theo/dev/git/cnvCallerGPU/3544.bam", "rb")#Importation du fichier bam
 
-for read in samfile.fetch(until_eof=True):#Boucle qui va lire le fichier bam en entier
-    seq_id=read.query_name#Attribution de l'ID de la sequence
-    chro=read.reference_name#Attribution du nom du chromosome
-    start=read.reference_start#Attribution position départ
-    lenght=read.query_length#Attribution longueur sequence
-    end=read.reference_end#Attribution position fin
+#for read in samfile.fetch(until_eof=True):#Boucle qui va lire le fichier bam en entier
+    #seq_id=read.query_name#Attribution de l'ID de la sequence
+    #chro=read.reference_name#Attribution du nom du chromosome
+    #start=read.reference_start#Attribution position départ
+    #lenght=read.query_length#Attribution longueur sequence
+    #end=read.reference_end#Attribution position fin
 
-    seq_inf[chro]={}#Création d'un nouveau dictionnaire avec le nom du chromosome à chaque itération de boucle
-    seq_inf[chro]=({"seq_id" : seq_id, "start" : start, "end" : end, "lenght" : lenght, "depth":0})#attribution de différentes informations pour chaque chromosome à chaque itération de boucle
-samfile.close()
+    #seq_inf[chro]={}#Création d'un nouveau dictionnaire avec le nom du chromosome à chaque itération de boucle
+    #seq_inf[chro]=({"seq_id" : seq_id, "start" : start, "end" : end, "lenght" : lenght, "depth" : 0})#attribution de différentes informations pour chaque chromosome à chaque itération de boucle
+#samfile.close()
 
-def depth_function(data):#Definition d'une fonction qui va calculer la profondeur
-    for chro, data in seq_inf.items():
-        depth = [0] * [-1]["end"] +1 #on crée une liste qui stock la profondeur de chaque chromosome. On prend la dernière position lue de chaque dictionnaire. On rajoute +1 parce que ça compte à partir de 0.
-        for position in range(start, end +1):#on reprend les position start et end défini au début
-            depth[position] += 1 #On calcule la profondeur en ajoutant +1 à chaque itération
-depth_function(seq_inf)#On fait appel à la fonction pour le dictionnaire de base
+#def depth_function(seq_inf):#Definition d'une fonction qui va calculer la profondeur
+ #   for chro, data in seq_inf.items():
+  #      depth = [0] * (data[-1]["end"] +1) #on crée une liste qui stock la profondeur de chaque chromosome. On prend la dernière position lue de chaque dictionnaire. On rajoute +1 parce que ça compte à partir de 0.
+   #     for position in range(start, end +1):#on reprend les position start et end défini au début
+    #        depth[position] += 1 #On calcule la profondeur en ajoutant +1 à chaque itération
+#depth_function(seq_inf)#On fait appel à la fonction pour le dictionnaire de base
 
 
 #import pyopencl as cl
@@ -29,3 +29,36 @@ depth_function(seq_inf)#On fait appel à la fonction pour le dictionnaire de bas
 #queue = cl.CommandQueue(ctx)
 #mf = cl.mem_flags
 
+
+
+
+import pysam
+
+seq_inf = {}  # On définit le dictionnaire
+
+samfile = pysam.AlignmentFile("/home/theo/dev/git/cnvCallerGPU/3544.bam", "rb")  # Importation du fichier bam
+
+for read in samfile.fetch(until_eof=True):  # Boucle qui va lire le fichier bam en entier
+    seq_id = read.query_name  # Attribution de l'ID de la séquence
+    chro = read.reference_name  # Attribution du nom du chromosome
+    start = read.reference_start  # Attribution position de départ
+    length = read.query_length  # Attribution longueur de la séquence
+    end = read.reference_end  # Attribution position de fin
+
+    if chro not in seq_inf:
+        seq_inf[chro] = []  # Création d'une liste vide pour chaque chromosome
+
+    seq_inf[chro].append({"seq_id": seq_id, "start": start, "end": end, "length": length, "depth": 0})
+samfile.close()
+
+def depth_function(seq_inf):  # Définition d'une fonction qui va calculer la profondeur
+    for chro, data in seq_inf.items():
+        for record in data:
+            start = record.get("start")  # Utiliser get() pour obtenir la valeur de "start"
+            end = record.get("end")  # Utiliser get() pour obtenir la valeur de "end"
+            if start is not None and end is not None:#Comme j'ai des None on calcule la profondeur quand on peut...
+                depth = [0] * (end - start + 1)  # On crée une liste qui stocke la profondeur pour chaque position du chromosome
+                for position in range(start, end + 1):  #on reprend les position start et end défini au début
+                    depth[position - start] += 1  # On calcule la profondeur en ajoutant +1 à chaque iteration
+depth_function(seq_inf)  # On fait appel à la fonction pour le dictionnaire de base
+print(seq_inf[chro])