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exo_bam_gpu.py

 import pysam
-seq_inf= {}
+seq_inf= {}#On defini le dictionnaire
 
 
-samfile = pysam.AlignmentFile("/home/theo/Documents/alternance/Projet Alternance/dijex8000.bam", "rb")
-for read in samfile.fetch(until_eof=True):
-    seq_id=read.query_name
-    chro=read.reference_name
-    start=read.reference_start
-    lenght=read.query_length
-    end =read.reference_end
+samfile = pysam.AlignmentFile("/home/theo/Documents/alternance/Projet Alternance/dijex8000.bam", "rb")#Importation du fichier bam
 
-    seq_inf[chro]={}
-    seq_inf[chro].append({"seq_id" : seq_id, "start" : start, "end" : end, "lenght" : lenght, })
+for read in samfile.fetch(until_eof=True):#Boucle qui va lire le fichier bam en entier
+    seq_id=read.query_name#Attribution de l'ID de la sequence
+    chro=read.reference_name#Attribution du nom du chromosome
+    start=read.reference_start#Attribution position départ
+    lenght=read.query_length#Attribution longueur sequence
+    end=read.reference_end#Attribution position fin
 
+    seq_inf[chro]={}#Création d'un nouveau dictionnaire avec le nom du chromosome à chaque itération de boucle
+    seq_inf[chro].append({"seq_id" : seq_id, "start" : start, "end" : end, "lenght" : lenght, "depth":0})#attribution de différentes informations pour chaque chromosome à chaque itération de boucle
 samfile.close()
 
-def depth_function(data):
+def depth_function(data):#Definition d'une fonction qui va calculer la profondeur
     for chro, data in seq_inf.items():
     depth = [0] * [-1]["end"] +1 #on crée une liste qui stock la profondeur de chaque chromosome. On prend la dernière position lue de chaque dictionnaire. On rajoute +1 parce que ça compte à partir de 0.
-        for position in range(start, end +1):
-            depth[position] += 1
-depth_function(seq_info)
-    
+        for position in range(start, end +1):#on reprend les position start et end défini au début
+            depth[position] += 1 #On calcule la profondeur en ajoutant +1 à chaque itération
+depth_function(seq_info)#On fait appel à la fonction pour le dictionnaire de base
+
+
+import pyopencl as cl
+
+ctx = cl.create_some_context()
+queue = cl.CommandQueue(ctx)
+mf = cl.mem_flags
+