Add some comments and new code for all seq

calc_depth.py

 import pysam
 
-def calcul_depth(bamfile, seq, window_size=100):
+def calcul_depth_seq(bamfile, seq, window_size=100):
 
     samfile = pysam.AlignmentFile(bamfile, "rb")
-    seq_length = samfile.lengths[samfile.references.index(seq)]
+    seq_length = samfile.lengths[samfile.references.index(seq)] #Permet d'obtenir la longueur de la sequence
 
-    for pos_start in range(0, seq_length, window_size):
-        pos_end = min(pos_start + window_size, seq_length)
-        window_depths = []
+    for pos_start in range(0, seq_length, window_size): #Itère sur la sequence par "fenêtre" en fonction de la taille
+        pos_end = min(pos_start + window_size, seq_length) #pos_start + window_size donne la position de début de la fenêtre, puis grâce à min() et seq_length je peux définir position de fin. le min me permet d'être certain que pos_end < seq_lenght. C-a-d que si la fenêtre dépasse la taille de la sequence, j'aurais quand même pos_end
+        window_depths = [] #liste pour stocker la profondeur de chaque fenêtre
 
-        for pileupcolumn in samfile.pileup(seq, start=pos_start, stop=pos_end):
-            window_depths.append(pileupcolumn.n)
+        for pileupcolumn in samfile.pileup(seq, start=pos_start, stop=pos_end): #itère sur chaque colone de pileup
+            window_depths.append(pileupcolumn.n)#ajoute le nb de lecture couvrant cette position à la liste window_depths
 
-        if window_depths:
+        if window_depths:#calcul la profondeur moyenne pour chaque sequence
             avg_depth = sum(window_depths) / len(window_depths)
             print(f"Profondeur moyenne pour la fenêtre {seq}:{pos_start}-{pos_end}: {avg_depth}")
            
     samfile.close()
     
+def calcul_depth_all(bamfile, window_size=100):
+    samfile=pysam.AlignmentFile(bamfile, "rb")
+    
+    for seq in samfile.references:
+        calcul_depth_seq(bamfile, seq, window_size)
+    samfile.close()
+
 bamfile_path = "/home/theo/dev/git/cnvCallerGPU/align.bam"
-sequence_of_interest = "chr21"
-calcul_depth(bamfile_path, sequence_of_interest, window_size=1000)
+#sequence_of_interest = "chr21"
+calcul_depth_all(bamfile_path, window_size=100)