Remote files from git

CNV/Read_Depth_Multithreading.py

-import pysam
-import concurrent.futures
-import sys
-
-
-def calcul_depth_seq(bamfile, seq, window_size=100, step_size=10):
-
-    samfile = pysam.AlignmentFile(bamfile, "rb")
-    seq_length = samfile.lengths[samfile.references.index(seq)] #Permet d'obtenir la longueur de la sequence
-
-    for pos_start in range(0, seq_length - window_size +1, step_size): #Itère sur la sequence par "fenêtre" en fonction de la taille
-        pos_end = pos_start + window_size #pos_start + window_size donne la position de début de la fenêtre, puis grâce à min() et seq_length je peux définir position de fin. le min me permet d'être certain que pos_end < seq_lenght. C-a-d que si la fenêtre dépasse la taille de la sequence, j'aurais quand même pos_end
-        window_depths = [] #liste pour stocker la profondeur de chaque fenêtre
-
-        for pileupcolumn in samfile.pileup(seq, start=pos_start, stop=pos_end): #itère sur chaque colone de pileup
-            window_depths.append(pileupcolumn.n)#ajoute le nb de lecture couvrant cette position à la liste window_depths
-
-        if window_depths:#calcul la profondeur moyenne pour chaque sequence
-            avg_depth = sum(window_depths) / len(window_depths)
-            print(f"{seq}:{pos_start}-{pos_end}: {avg_depth}")
-           
-    samfile.close()
-    
-def calcul_depth_all(bamfile, window_size=100, step_size=10, num_threads=4):
-    samfile=pysam.AlignmentFile(bamfile, "rb")
-    
-    with concurrent.futures.ThreadPoolExecutor(max_workers = num_threads) as executor:
-        futures = [] #liste pour stocker les futures
-    
-        for seq in samfile.references:
-            future = executor.submit(calcul_depth_seq, bamfile, seq, window_size, step_size)
-            futures.append(future)
-            
-        concurrent.futures.wait(futures)
-        
-        samfile.close()
-
-#Programme principal
-if len(sys.argv) <2:
-    print("Usage : File alignement .bam")
-    sys.exit()
-bamfile_path = sys.argv[1]
-
-calcul_depth_all(bamfile_path, window_size=100, num_threads=4)

CNV/test_final_multithreading.py

-import pysam
-import concurrent.futures
-import sys
-import getopt
-import logging
-
-
-#Options
-output_file = ""
-try:
-    opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], 'b:w:s:t:o:e:')
-    for opt, arg in opts:
-        if opt in ("-b"):
-            bamfile = arg
-        if opt in ("-w"):
-            window_size = int(arg)
-        if opt in ("-s"):
-            step_size = int(arg)
-        if opt in ("-t"):
-            num_threads = int(arg)
-        if opt in ("-o"):
-            output_file = open(arg, "a")
-        if opt in ("-e"):
-            logfile = arg
-except getopt.GetoptError:
-    print('Invalid argument')
-    sys.exit(1)
-    
-logging.basicConfig(filename =  '%s' % (logfile), filemode = 'a', level = logging.INFO, format = '%(asctime)s %(levelname)s - %(message)s')
-logging.info('start')
-
-def calcul_depth_seq(bamfile, seq, window_size, step_size, numero_de_thread):
-    sys.stderr.write("\t entering calcul_depth_seq : thread numero %s\n" % numero_de_thread)
-    samfile = pysam.AlignmentFile(bamfile, "rb")
-    seq_length = samfile.lengths[samfile.references.index(seq)] #Permet d'obtenir la longueur de la sequence
-
-    for pos_start in range(0, seq_length - window_size +1, step_size): #Itère sur la sequence par "fenêtre" en fonction de la taille
-        pos_end = pos_start + window_size #pos_start + window_size donne la position de début de la fenêtre, puis grâce à min() et seq_length je peux définir position de fin. le min me permet d'être certain que pos_end < seq_lenght. C-a-d que si la fenêtre dépasse la taille de la sequence, j'aurais quand même pos_end
-        window_depths = [] #liste pour stocker la profondeur de chaque fenêtre
-
-        for pileupcolumn in samfile.pileup(seq, start=pos_start, stop=pos_end): #itère sur chaque colone de pileup
-            window_depths.append(pileupcolumn.n)#ajoute le nb de lecture couvrant cette position à la liste window_depths
-
-        if window_depths:#calcul la profondeur moyenne pour chaque sequence
-            sys.stderr.write("\t\t entering wd thread numero %s\n" % numero_de_thread)
-            avg_depth = sum(window_depths) / len(window_depths)
-            sys.stdout.write(f"{seq}:{pos_start}-{pos_end}: {avg_depth}\n")            
-            output_file.write(f"{seq}:{pos_start}-{pos_end}: {avg_depth}\n")
-           
-    sys.stderr.write("\t leaving calcul_depth_seq thread numero %s\n" % numero_de_thread)
-    
-def calcul_depth_all(bamfile, window_size, step_size, num_threads):
-    sys.stderr.write("entering calcul_depth_all \n")
-    samfile=pysam.AlignmentFile(bamfile, "rb")
-    
-    with concurrent.futures.ThreadPoolExecutor(max_workers = num_threads) as executor:
-        futures = [] #liste pour stocker les futures
-        n=0
-        for seq in samfile.references:
-            n+=1
-            future = executor.submit(calcul_depth_seq, bamfile, seq, window_size, step_size, n)
-            futures.append(future)
-            
-        concurrent.futures.wait(futures)
-        
-        samfile.close()
-
-#if output_file != sys.stdout:
- #   output_file.close()
-
-#Programme principal
-if len(sys.argv) <2 or bamfile is None:
-    print("Usage : File alignement .bam")
-    sys.exit(1)
-
-bamfile_path = bamfile
-calcul_depth_all(bamfile_path, window_size, step_size, num_threads)
-logging.info('end')
-samfile.close()