Fix some bugs

TODO.org

@@ -12,3 +12,8 @@
 - [ ] Ajouter le sample dans le nom de fichier de log pour pieline.sh
 - [ ] Changer le répertoire de sortie : /STR/pipeline car pipeline n'est pas explicite (répertoire avec fichiers de sortie des outils de détection de STR)
 - [ ] Remove dijen from str_outliers.py
+- [ ] Prévoir l'installation des dépendances
+- [ ] Faire un launcher pour lancer getResults dans SGE
+- [ ] Ajouter la possibilité de faire tourner getResults sur une liste d'échantillons donnée (actuellement, glob *)
+- [ ] Créer le répertoire results automatiquement + avec la date
+- [ ] Ajouter la possibilité de lancer le pipeline depuis n'importe quel répertoire et pas seulement celui où se trouve les scripts

getResults.py

@@ -20,16 +20,16 @@ input_directory = None
 output_directory = None
 variant_catalog = None
 
-with open(os.path.join(os.path.dirname(sys.argv[0]), 'config.sh'))) as config:
+with open(os.path.join(os.path.dirname(sys.argv[0]), 'config.sh')) as config:
     for line in config:
         if '=' in line:
             variable, value = line.split('=', 1)
             if variable == 'OUTPUTDIR':
-                input_directory = value.split('#')[0].strip('"\' ') # strip double quotes, simple quotes and spaces
+                input_directory = value.split('#')[0].strip('"\' \n') # strip double quotes, simple quotes and spaces, new line
             elif variable == 'RESULTS_OUTPUTDIR':
-                output_directory = value.split('#')[0].strip('"\' ') # strip double quotes, simple quotes and spaces
+                output_directory = value.split('#')[0].strip('"\' \n') # strip double quotes, simple quotes and spaces, new line
             elif variable == 'EH_VARIANT_CATALOG':
-                variant_catalog = value.split('#')[0].strip('"\' ') # strip double quotes, simple quotes and spaces
+                variant_catalog = value.split('#')[0].strip('"\' \n') # strip double quotes, simple quotes and spaces, new line
 
 if input_directory is None or output_directory is None or variant_catalog is None:
     logging.error('OUTPUTDIR, RESULTS_OUTPUTDIR or EH_VARIANT_CATALOG is missing in config.sh')
@@ -110,5 +110,5 @@ def get_results(locus, region):
 
 if __name__ == '__main__':
     os.makedirs(output_directory, exist_ok=True)
-    for locus, region in enumerate_variants(variants_catalog):
+    for locus, region in enumerate_variants(variant_catalog):
         get_results(locus, region)

launch_pipeline_ehdn_outlier.sh

@@ -9,9 +9,11 @@
 # Source configuration file
 . "$(dirname "$0")/config.sh"
 
-cd "$OUTPUTDIR"
-printf "%s\n" * |
+(
+    cd "$OUTPUTDIR"
+    printf "%s\n" *
+) |
     "$PARALLEL" \
 	--jobs "$PARALLEL_JOB_COUNT" \
         --line-buffer \
-	"$(dirname "$(readlink -f "$0"))/pipeline_ehdn_outlier.sh"
+        "$(dirname "$0")/pipeline_ehdn_outlier.sh"