clean

Dup_Data.sh

-#!/bin/bash
-
-if [ ! -e /work/gad/sv347413/epilepsie/vcf_tmp/$i*.vcf ]
-then
-for i in $(cat /work/gad/sv347413/HLAscan/liste_patients_epileptiques.txt)
-do
-	cp /work/gad/shared/vcf/individu/$i/*.raw.vcf /work/gad/sv347413/epilepsie/vcf_tmp/.
-done
-fi
-
-if [ ! -e /work/gad/sv347413/epilepsie/tsv_tmp/$i*.tsv ]
-then
-for i in $(cat /work/gad/sv347413/HLAscan/liste_patients_epileptiques.txt)
-do 
-	cp /work/gad/shared/vcf/individu/$i/*.cnv.annot.tsv /work/gad/sv347413/epilepsie/tsv_tmp/.
-done
-fi

start.sh

-#!/bin/bash
-
-set -e;
-true;
-
-
-for i in $(cat /work/gad/sv347413/HLAscan/liste_patients_epileptiques.txt)
-do
-echo $i
-	qsub -V -q batch /work/gad/sv347413/epilepsie/Pipeline/Master.sh ${i}
-done